Fonden for Plantebaserede Fødevarer ledes af en bestyrelse, der udpeges af ministeren for fødevarer, landbrug og fiskeri på baggrund af indstillinger fra en række foreninger og organisationer.

Det er bestyrelsen for Plantefonden, der udarbejder den langsigtede strategi for fonden, ligesom bestyrelsen hvert år vedtager en ny handlingsplan, der sætter rammen for, hvordan projektansøgningers fokusområde skal prioriteres.

Med udgangspunkt i strategi og handlingsplan indkalder og beslutter bestyrelsen, hvilke ansøgninger Plantefonden skal imødekomme. Udvælgelsen beror på en vurdering af, hvor godt projekterne opfylder lovens formål samt programmets strategi og handlingsplan.

Bestyrelsen betjenes af et sekretariat beliggende i Landbrugs- og Fiskeristyrelsen.